Вероятно, оно ведет свое начало от литовского слова kulynas, которое означает «кустарник». Скорее всего, прозвище Кулайнис получил человек, который жил в местности, обильно поросшей кустарником. У слова kulynas есть еще одно значение: «куча камней», «каменистая почва», «каменистая местность». Таким образом, человек, который имел прозвище Кулайнис, мог жить в местности с каменистыми почвами. Согласно другой гипотезе, эта фамилия связана с латышским словом kūlis - «сноп; пучок» или kūlums - «обмолот». Возможно, основатель рода Кулайнис занимался обмолотом зерна.