Фамилия Кулначева — женская форма, а мужская, Кулначев, образована от прозвища или имени Кулнач. Основа здесь не самая очевидная, и сразу бросается в глаза редкий для русских фамилий элемент «-нач». Если отбросить типичный патронимический суффикс «-ев» (указывающий на принадлежность: «чей?» — Кулначев, то есть сын Кулнача), остаётся корень «кул-». Скорее всего, это усечённая форма от тюркского имени Кулмухаммед, Кулназар или Кулбай, где «кул» означает «раб», но в контексте имён — «раб Божий», то есть смиренный служитель. Вторая часть «-нач» могла возникнуть как адаптация к русскому произношению: тюркское «-наз» или «-насы» превратилось в «-нач» под влиянием местных говоров.

Другая, менее вероятная версия выводит фамилию из прозвища Кулнач, данного человеку, который «кули начи» — то есть «начинал кули» (мешки). Но это натяжка: глагол «начинать» с существительным «куль» не складывается в устойчивое бытовое прозвище, и тюркская основа выглядит убедительнее.

Географически фамилия Кулначева встречается в Поволжье и на Урале — в регионах, где исторически смешивались русские и тюркские народы (Татарстан, Башкирия, Оренбуржье). Предки носителей фамилии, вероятно, были крещёными татарами или башкирами, либо русскими, перенявшими тюркское имя в качестве прозвища. В словарях Б. Унбегауна и В. Никонова фамилия не фигурирует как широко распространённая, что подтверждает её локальный и сравнительно поздний характер — оформилась она не раньше XVII–XVIII веков.

С точки зрения словообразования, суффикс «-ев» вместо «-ов» указывает на основу, заканчивающуюся на мягкий или шипящий согласный (в имени Кулнач конечный «ч» мягкий). По сословной принадлежности носители могли быть как крестьянами, так и служилыми людьми — точных данных нет, но тюркские корни в русских фамилиях часто встречаются у однодворцев и ясачных крестьян.