Фамилия Кунерус — редкая и нестандартная для русского слуха. В ней нет привычных фамильных суффиксов вроде -ов или -ин, которые указывали бы на принадлежность конкретному человеку («чей сын?»). Зато окончание -ус сразу выдает нерусское происхождение: такие фамилии характерны для немецкого, польского или латышского языков, где -us — типичное окончание существительных мужского рода.

Скорее всего, Кунерус — это онемеченная или полонизированная версия фамилии, образованной от имени или прозвища. Основа «Кунер» может восходить к немецкому имени Kuner (краткая форма от Konrad) или к слову Kunde — «клиент», «знакомый». В польском языке есть фамилия Kuner, а суффикс -us добавляет ей латинизированный оттенок, что встречалось у жителей бывшей Речи Посполитой или у переселенцев-меннонитов, осевших в Российской империи.

Географически фамилия привязана к западным губерниям России, Прибалтике и Сибири, куда ссылали колонистов. Встречается она и в современной Украине, что подтверждает западнославянский или немецкий след. В русских документах XIX века такие фамилии часто искажали: писали «Кунерус», «Кунерас» или «Кунериус», путая окончания.

Социальный контекст: носитель фамилии мог быть ремесленником, мещанином или крестьянином-колонистом, но не дворянином — в дворянских гербовниках Кунерус не значится. Редкость фамилии говорит о том, что род был немногочисленным и, вероятно, не разветвлялся в крупные кланы.

Если искать однокоренные параллели, то ближе всего фамилии Кунер, Кунерих и Кунерин — у них та же основа, но разное оформление. Кунерус стоит особняком: окончание -us делает её похожей на латинскую запись, что могло быть данью моде среди образованных мещан или пасторов в XVIII–XIX веках.