Фамилия Кунейко — характерный пример фамилии украинско-белорусского пограничья, образованной по продуктивной модели на -ейко. Этот суффикс, восходящий к уменьшительно-ласкательному украинскому и белорусскому -ейк- (аналог русского -ечк-), присоединяли к основе имени или прозвища, чтобы получить фамилию, означавшую «маленький», «сын» или «потомок» того, кто назван в корне. В данном случае основа — «Кун», которая требует разбора.

Самая прямая версия: «Кун» — это краткая форма от канонического имени Кондратий (в просторечии Кундрат) или от более редкого имени Кузьма. В украинской и белорусской традиции имена часто усекали до первого слога: Кондрат → Кун, Кузьма → Кун. Тогда Кунейко — буквально «потомок Куна», то есть сын или человек из рода Кондратия или Кузьмы.

Есть и вторая, не менее правдоподобная гипотеза, связанная с прозвищем. В юго-западных русских говорах и в польском языке «куна» — это куница, а также старинная денежная единица (шкурка куницы). Прозвище Кун могли дать либо ловкому, хитрому человеку (по повадкам зверька), либо торговцу пушниной, либо тому, кто платил дань кунами. В пользу этой версии говорит и фамилия Куницкий, и польская Kunowski — все они из того же семантического гнезда. Суффикс -ейко в таком случае смягчает прозвище, делая его фамильным обозначением рода.

Географически фамилия Кунейко распространена в основном на западе Украины (Волынь, Ровенская область), а также в южной Беларуси (Брестчина). Это указывает на ареал, где фамилии на -ейко особенно типичны. В России фамилия встречается редко и, скорее всего, принесена переселенцами с запада.

Социальный состав носителей фамилии был преимущественно крестьянским и казачьим. Фамилии на -ейко в этих местах не носили шляхтичи (те чаще брали -ский) — это маркер простого сословия, свободного или зависимого, но оседлого. Никаких дворянских гербов с Кунейко не связано, и это нормально: фамилия говорит о корнях в народной среде, где человека называли по отцу или по характерному признаку.

Таким образом, Кунейко — фамилия, в основе которой лежит либо сокращённое крестильное имя (Кондрат или Кузьма), либо прозвище, связанное с куницей. Выбор между этими версиями без архивных записей конкретной семьи сделать трудно, но обе они ведут в одно время и место: в западнорусские земли XVI–XVII веков, где и сложилась эта модель фамилий.