Фамилия Кунигенус — редкий случай в русском ономастиконе. С первого взгляда она кажется латинской или искусственной, но её происхождение куда прозаичнее. В основе лежит женское имя Кунигунда (Kunigunde), популярное в средневековой Германии и у западных славян. Имя это древневерхненемецкое: kuni («род, племя») + gund («битва»), то есть «воительница рода» или «сражающаяся за род». В Польше имя давали в формах Kunegunda, Kunigunda, а в просторечии оно могло сокращаться до Куня или Кунек.

Как из Кунигунды получился Кунигенус? Здесь сработала латинизация, типичная для учебных заведений и церковных записей XVIII–XIX веков. Семинаристы и писцы, оформляя документы, нередко переделывали «простонародные» фамилии и имена на латинский лад, чтобы придать им благообразие. Так Кунигунда превратилась в Kunigenus — словно бы по аналогии с латинскими прилагательными на -us. Фамилия закрепилась в форме Кунигенус, и её носитель, скорее всего, был либо выходцем из духовного сословия (где латинизация была нормой), либо потомком человека, записанного под этим облагороженным вариантом.

Модель образования необычна: фамилия не на -ов, -ин или -ский, а на -ус. В русской традиции такой суффикс встречается почти исключительно у искусственных семинарских фамилий: например, Бенедиктов, Аполлосов — но там основа на -ов/-ев. Кунигенус — чистая латинизация без русского патронимического суффикса, что делает её похожей на фамилии вроде Рекс или Цезарь, но с той разницей, что корень здесь не латинский, а германский. Встретить такую фамилию можно в основном на западе бывшей Российской империи — в губерниях, где было сильное польское или немецкое влияние (Волынская, Подольская, Гродненская).

Других версий немного. Иногда Кунигенус пытаются вывести напрямую от латинского genus («род») с приставкой cuni- — но это натяжка: в латыни нет такого слова. Германская этимология через имя Кунигунда остаётся единственной убедительной. Фамилия очень редкая, даже по меркам русских списков, и её носители, скорее всего, немногочисленны и разбросаны. Если вы носите эту фамилию, ваши предки с высокой вероятностью имели отношение к духовенству или мелкой шляхте, где латинизированные фамилии давали как знак образованности или статуса.