Фамилия Куныцына — женская форма фамилии Куныцын, и чтобы понять её происхождение, нужно разобраться с мужским вариантом. Основа здесь — прозвище или мирское имя Куница. В древнерусской традиции куница была не только пушным зверьком, но и денежной единицей: так называли шкурку куницы, которая служила для уплаты дани и торговли. Поэтому прозвище Куница могло достаться человеку ловкому, быстрому, юркому, либо же тому, кто промышлял охотой на этого зверя. Есть и другая версия: на Руси «куной» называли невесту или приданое, а «куницын» могло означать «принадлежащий Кунице» — то есть человеку, которого так звали.

Суффикс -ын (в женском варианте -ына) — типичный русский патронимический суффикс, указывающий на принадлежность: «чей?» — Куницын, то есть сын или потомок Куницы. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречались на севере и в центральных землях, фамилии на -ин/-ын особенно характерны для южнорусских и рязанских территорий, а также для Поволжья. Это не абсолютное правило, но географический след, который стоит учитывать.

Сама фамилия не редкая, но и не массовая. В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские люди с таким прозвищем, что говорит о её демократическом происхождении — это не дворянская фамилия, а скорее родовое имя из крестьянской или мещанской среды. Интересно, что в некоторых говорах «куница» могла означать и ласку, и хитрость, так что прозвище могло нести и положительный, и ироничный оттенок.

В современном написании фамилия часто путается с «Куницына» — через «и», но исходная форма с «ы» (Куныцына) сохраняет старую орфографию, где после ц писали ы, а не и. Это не ошибка, а историческое написание, которое встречается в дореволюционных метрических книгах и переписях. Если ваша фамилия именно Куныцына — вы носитель редкого варианта, который не унифицировался под более привычное «Куницына».