Фамилия Купахунов — редкая и неочевидная для поверхностного взгляда. Её основа не связана с русским глаголом «купать» или существительным «купальня»; это было бы слишком прямолинейно. Скорее всего, перед нами пример фамилии, образованной от прозвища, которое в свою очередь восходит к тюркскому или кавказскому слову.

Самый вероятный корень — тюркское «купа» или «куба». В ряде тюркских языков это слово означает «бледный», «светлый», «белёсый» или даже «седой». Прозвище Купахун могли дать человеку со светлыми волосами, очень бледной кожей или, напротив, с сединой в молодом возрасте. Суффикс «-хун» в данном случае — это уменьшительная или ласкательная форма, характерная для некоторых тюркских диалектов. Таким образом, Купахун — это «светленький», «белобрысый». Фамилия образована по русской модели присоединением суффикса принадлежности «-ов», то есть «сын Купахуна».

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с кавказским именем Куба (или Купа) и аварским суффиксом «-хун», который может указывать на происхождение из определённого села или рода. В этом случае Купахунов — потомок человека из рода Купа или из местности, где было распространено это имя.

Обратите внимание на написание: фамилия заканчивается на «-унов», а не на «-унов» от глагола «купать» (как, например, Купалов). Это дополнительный аргумент в пользу тюркской основы. Географически фамилия может встречаться на Северном Кавказе, в Поволжье или в регионах с сильным тюркским влиянием, хотя точных статистических данных по её распространению нет.

В русском быту фамилия могла подвергнуться вторичному переосмыслению. Носители могли связывать её с купанием, но для этимолога связь с цветом волос или кожи выглядит более обоснованной.