Фамилия Купайсинов — редкий пример тюркско-русского словообразования, где к основе на -ай присоединился русский патронимический суффикс -ов. На слух она звучит почти как «купаться», но на деле корень лежит в другом семантическом поле.

В основе фамилии лежит тюркское мужское имя Купайсы (варианты — Купайса, Копайсы). Оно, в свою очередь, образовано от двух корней: «куп» (много, множество, в изобилии) и «айсы» (лунный, месяц). В тюркской антропонимике имя Купайса могло означать «подобный полной луне» или «обильный, как месяц» — пожелание благополучия и сытости. Имя фиксируется в казахской и башкирской среде, хотя и не относится к числу самых частотных.

Суффикс -ов, а не -ев, указывает на то, что фамилия оформлялась уже в русской канцелярской традиции, вероятно, при переписи населения или при получении паспортов в XIX — начале XX века. Если бы фамилия сохранила тюркскую модель, она звучала бы как Купайсаулы (сын Купайсы). Выбор русского окончания — признак того, что носители жили в зоне активного русско-тюркского контакта: в Оренбуржье, Западном Казахстане, Астраханской губернии или на юге Урала.

Интересно, что фамилия не дала разветвлённого дерева однокоренных вариантов. Нет массовых Купайсиных или Купайсова — это говорит о том, что родоначальник был, скорее всего, единственным носителем имени в своей волости, и фамилия закрепилась за узкой семейной линией. По сословной принадлежности предки могли быть казахами, перешедшими в оседлость, или башкирами-вотчинниками, попавшими в ревизские сказки.

В современном русском языке фамилия легко встраивается в склонение по второму типу (Купайсинова, Купайсинову), хотя ударение в разговорной речи колеблется между последним слогом (Купайсино́в) и третьим (Купа́йсинов). Первый вариант ближе к исходному имени, второй — к бытовой аналогии с фамилиями на -инов.