Фамилия Купбергенов — один из тех редких случаев, когда происхождение можно проследить почти пошагово, но с обязательной оговоркой: перед нами не славянская, а тюркская фамилия, русифицированная суффиксом. Её основа — составное имя Купберген, которое бытует у казахов, каракалпаков и отчасти у ногайцев. Разбирается оно на две части: «Куп» (от арабского «кут» — счастье, благодать, иногда в значении «удача») и «берген» (тюркское причастие «давший»). В сумме получается «давший счастье» или «подаренный удачей» — типичное имя-оберег, которое давали долгожданному или позднему ребёнку, чтобы его жизнь сложилась удачно.

Суффикс «-ов» в конце — чисто русская добавка, которая закрепилась за фамилией после вхождения Средней Азии и Казахстана в состав Российской империи. В документах XIX — начала XX века тюркские имена и отчества стали записывать по русскому образцу, добавляя фамильный суффикс. Купбергенов буквально значит «сын Купбергена», хотя по тюркской традиции отчества образовывались иначе (например, Купбергенулы). Выбор именно «-ов», а не «-ев» или «-ин», объясняется тем, что основа оканчивается на твёрдый согласный «н».

Географически фамилия привязана к западному Казахстану и северному Приаралью. Встречается она нечасто, и это не случайно: имя Купберген само по себе не было массовым, а после советской паспортизации многие носители могли сменить фамилию на более короткую или благозвучную. В отличие от фамилий вроде Бергенов (от имени Берген — «данный»), Купбергенов сохраняет двойной корень, что делает её более редкой и семантически насыщенной.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Купбергенов стоит в одном ряду с Кутбергенов (та же основа «кут»), но с фонетическим упрощением «т» в «п» — это характерный для казахского языка переход в некоторых диалектах. Таким образом, предок носителя фамилии, скорее всего, был казахом или каракалпаком, получившим имя с пожеланием счастливой судьбы, а его потомки уже стали Купбергеновыми по русской бюрократической традиции.