Фамилия Купкенов — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от фамилий на -ов от христианских имён (Иванов, Петров), здесь основа неочевидна. Скорее всего, перед нами фамилия тюркского корня, что подтверждается и суффиксом -ов, и структурой слова. Если отбросить русский патронимический суффикс -ов, остаётся основа «Купкен». В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) слово «күп» означает «много», а «кен» — «широкий», «просторный» или может быть частью сложного имени. Однако правдоподобнее видеть здесь антропоним Купкен, который мог быть прозвищем или доисламским именем.

Есть версия, что Купкен — вариант имени Кубек или Кубай, распространённого у татар и башкир. В таком случае суффикс -ен мог указывать на уменьшительно-ласкательную форму (как, например, в имени Кубек → Купкен). Тогда Купкенов — буквально «сын Купкена». Другая гипотеза связывает фамилию с казахским словом «көпкен» — «раздувшийся», «вздувшийся». Это могло быть прозвище полного человека или, в переносном смысле, зазнайки. Но в прозвищах тюркских народов такое встречается реже, чем личные имена.

Географически фамилия тяготеет к Оренбургской области, Башкортостану и Татарстану — регионам, где веками жили тюркские народы, входившие в состав Российской империи. Носители фамилии, вероятно, были крещёными татарами или башкирами, либо мусульманами, чью фамилию записали на русский лад при переписях. Социальный состав — в основном крестьяне или казаки, так как в этих краях было много казачьих войск и сельского населения.

С точки зрения словообразования фамилия примечательна тем, что сохранила редкий суффикс -ен, который в русских фамилиях обычно указывает на польское или украинское влияние (например, Коваленко), но здесь он встроен в тюркскую основу. Это говорит о том, что фамилия формировалась не по шаблону «имя + ов», а через промежуточную форму — прозвище или имя на -кен. Сравните с фамилиями Купкенов и Купкен — последняя встречается у казахов без русского окончания.

Однозначного ответа, кем был первый Купкенов, нет, но наиболее вероятно, что его предок носил личное имя Купкен, данное при рождении. Это имя могло означать «обильный», «щедрый» (от «күп») или быть просто благозвучным сочетанием звуков, характерным для тюркской ономастики. Фамилия не дворянская, не купеческая — скорее всего, крестьянская или казачья, что типично для восточных окраин России.