Фамилия Куповтцов — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не профессия и не географическое название, а, скорее всего, прозвище, связанное с торговлей или ремеслом. Словообразовательная модель здесь необычна: мы видим суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?»), но корень явно содержит суффикс -ец, который в русских фамилиях часто обозначает человека по месту жительства или роду занятий. Однако «Куповец» — не житель Купова (такого топонима нет), а скорее человек, имеющий отношение к купле, то есть к покупке товаров.

Наиболее вероятная версия: Куповтцов — это патронимическая (по отцу) фамилия от прозвища Куповец. «Куповец» в диалектах могло означать «покупатель», «скупщик» (от глагола «купить»). В северных и центральных губерниях России так называли мелких торговцев, которые скупали у крестьян лён, пеньку, шерсть или мёд для перепродажи. Фамилия образована по схеме: Куповец → Куповцов (сын Куповца) → Куповтцов. Удвоение «т» — это результат фонетического упрощения: «Куповц-ов» на письме и в произношении могло дать «Куповтцов», где звук [ц] перед [ов] перешёл в [тс], а на письме закрепилась буква «т».

Есть и менее правдоподобная версия от имени Куп (сокращение от Куприян, Куприй), но тогда ожидалась бы форма Купов или Купцов, без вставного «т». Фамилия редкая, в дореволюционных справочниках почти не встречается, что говорит о её локальном бытовании — возможно, в южных или западных губерниях, где диалектное «куповец» было в ходу. Носители фамилии, скорее всего, происходили из крестьян или мещан, занимавшихся скупкой и перепродажей сельскохозяйственной продукции.