Фамилия Куптулкин — редкая и неочевидная для поверхностного взгляда. Если попробовать разобрать её по составу, сразу бросается в глаза суффикс -ин, который в русских фамилиях обычно указывает на принадлежность к отцу: «чей?» — Куптулкин, то есть сын Куптулки. А вот с основой Куптулк- сложнее. В ней нет привычных тюркских или русских корней, которые легко прочитать как «купец» или «купол». Скорее всего, перед нами пример народной переделки иноязычного имени или прозвища.

Наиболее вероятная версия ведёт к тюркским языкам, где основа «куб» или «куп» связана с понятием «много», «обильный». В казахском и татарском есть слово «көп» — много, а «тулкы» или «тулкын» означает «волна». Таким образом, Куптулкын могло быть составным именем-пожеланием вроде «обильная волна» (в переносном смысле — богатство, достаток, удача). При переходе в русскую среду имя обросло суффиксом -ин и потеряло мягкий знак, превратившись в Куптулкин.

Есть и более прозаичная версия, хотя она менее популярна у ономастов. В некоторых говорах Поволжья и Приуралья слово «купыркаться» означало «копаться, возиться», а «купырка» — неуклюжий человек. В этом случае Куптулка могло быть прозвищем нерасторопного или суетливого человека. Однако эта гипотеза слабее, так как не объясняет вторую часть «тулк» — для чисто русского прозвища она нехарактерна.

Географически фамилия тяготеет к Оренбуржью, Башкортостану и Татарстану — зоне активного контакта русского и тюркского населения. Это косвенно подтверждает первую версию: предки носителя фамилии, скорее всего, были крещёными татарами, башкирами или чувашами, чьё личное имя при записи в метрические книги русифицировали. В отличие от фамилий на -ов или -ев, суффикс -ин в этом регионе часто закреплялся за именами, оканчивавшимися на согласный, — так Куптулкын и стал Куптулкиным.

Сословно предки Куптулкиных, скорее всего, относились к государственным крестьянам или однодворцам южных уральских губерний. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. В советских архивах фамилия встречается единично, что говорит о её локальном характере и отсутствии массовой миграции носителей.