Фамилия Купжанова — женская форма фамилии Купжанов, и её разбор стоит начать не с корня, а с необычного суффикса. Если большинство русских фамилий оканчивается на -ов/-ев или -ин, то здесь мы видим суффиксальную цепочку -ан-ов. Модель «основа + -ан + -ов» характерна для тюркских языков, где -ан — это уменьшительный или ласкательный аффикс, а также показатель принадлежности к роду. В русской ономастике такие фамилии обычно указывают на тюркское происхождение предков: башкирское, татарское, казахское или ногайское.

Основа фамилии — Купж. В тюркских языках слово «купж» или «кубж» имеет несколько значений. Наиболее вероятное — «кувшин» или «сосуд для воды» (от тюркского küp — кувшин, бурдюк). В этом случае Купжан — человек, связанный с изготовлением или продажей кувшинов, либо получивший прозвище по форме тела («кувшинообразный»). Есть и вторая версия: «купж» может быть искажённым вариантом имени Кубаш (от «куба» — бледный, светлый) с переходом «б» в «п» под влиянием глухой среды. Тогда Купжан — «светлый», «белолицый».

Географически фамилия Купжанова редкая и встречается почти исключительно в Оренбургской области, Башкортостане и соседних регионах Казахстана. Это указывает на формирование фамилии в среде оренбургских казаков или башкирских родов, где тюркские прозвища переходили в фамилии через русскую модель -ов. В документах XIX века такие фамилии нередко записывали с вариациями: Купжанов, Купшанов, Кубжанов, что подтверждает неустойчивость звучания в устной речи.

Сословно носители фамилии, скорее всего, были государственными крестьянами или однодворцами (в Оренбуржье — казаками), а не дворянами: фамилия не попала в «Бархатную книгу» и не имеет аристократических параллелей. В современной России фамилия остаётся малочисленной — по данным открытых баз, её носят не более нескольких сотен человек, в основном женщины (форма Купжанова преобладает над мужской Купжанов).