Фамилия Куркубет — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано с диалектным словом, а не с именем или профессией. В отличие от массовых фамилий на -ов или -ин, эта образована без суффикса, простым переносом прозвища в фамилию. Это типично для украинских и южнорусских фамилий, а также для польских и белорусских: Куркубет, а не Куркубетов.

Самое вероятное объяснение корня — южнорусское или украинское слово «куркубет» или «куркубат». В говорах так называли человека суетливого, непоседливого, того, кто «кувыркается» или «крутится». Глагол «куркубетать» в некоторых областях означал «кувыркаться, переворачиваться», а в переносном смысле — «суетиться, ёрзать». Прозвище могли дать живому, вертлявому ребёнку или взрослому с беспокойным характером.

Вторая версия отсылает к тюркским языкам, где корень «курку» или «куркут» связан со страхом, испугом (сравните с именем Коркут из тюркского эпоса). Однако для фамилии Куркубет эта этимология менее убедительна: окончание -бет нехарактерно для тюркских прозвищ, а вот в славянских говорах оно встречается как экспрессивный формант (сравните с «кувырк» — «кувырком»).

Географически фамилия тяготеет к западнорусским и украинским землям. В дореволюционных переписях Куркубеты изредка встречались в Подольской, Волынской и Киевской губерниях. Это указывает на крестьянское или мещанское происхождение: прозвища такого типа редко давали дворянам.

С точки зрения словообразования, фамилия интересна тем, что сохранила архаичную бессуффиксную модель. Если бы носитель переселился в великорусские губернии, фамилия, скорее всего, превратилась бы в Куркубетов — по отчеству. Но этого не произошло, и Куркубет остался в своей исходной, «прозвищной» форме, что делает её ценной для историков говоров.