Фамилия Кусайкина — женская форма фамилии Кусайкин. Она образована по типичной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Кусайкина, то есть жена или дочь Кусайкина. Основа фамилии — прозвище или неканоническое имя Кусайка.

Корень «кус-» в русских говорах многозначен. Самое очевидное — связь с глаголом «кусать». Кусайкой в диалектах могли назвать сварливого, язвительного человека, который «кусается» словом, или же того, кто кусается в прямом смысле — например, драчливого ребёнка или собаку. В некоторых областях, особенно на юге и западе России, «кусайкой» называли кочергу или ухват — предмет, которым «кусают» (захватывают) горшки в печи. Прозвище по орудию труда давали кузнецам или печникам, но такое значение встречается реже.

Фамилия фиксируется в основном в центральных и южных регионах России. В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне с прозвищем Кусайка, но систематических записей о дворянских родах Кусайкиных нет — это однозначно крестьянская или мещанская фамилия. Суффикс -айк- характерен для прозвищно-именной модели: он придаёт слову фамильярный, уменьшительный оттенок (ср. Зайка, Майка, Лайка). Так что Кусайка — это не столько имя, сколько бытовое прозвище, которое закрепилось за родом.

Есть и менее вероятная версия: от тюркского «кус» — «птица». В таком случае Кусайка могло быть тюркским именем-пожеланием или прозвищем охотника, но фонетика «-айк-» для тюркских заимствований нетипична. Поэтому версия с русским диалектным корнем убедительнее.

Современные носители фамилии Кусайкина живут в основном в Поволжье и на Урале. Фамилия редкая, что подтверждает её локальное, «гнездовое» происхождение: скорее всего, она пошла от одного прозвища в конкретной деревне или слободе.