Фамилия Кусембеков — тюркская по происхождению, и её разбор стоит начать не с корня, а с географии и социального контекста. Она характерна для народов, говорящих на языках кыпчакской группы: казахов, киргизов, отчасти башкир и татар. В русской записи фамилия закрепилась с типичным для тюркских фамилий суффиксом -ов, который добавлялся при русификации документов в XIX–XX веках. Без этого окончания основа — Кусембек — является полноценным личным именем или составной частью сложного имени.

Основа «Кусембек» распадается на два компонента: «Кусем» и «бек». Вторая часть, «бек» (или «бий»), в тюркской традиции означает «господин», «князь», «предводитель». Это один из самых частых титульных компонентов в именах знати и военной элиты у кочевых народов. Первая часть — «Кусем» — более спорна. Вероятнее всего, это искажённая или фонетически адаптированная форма арабского имени «Кусым» (قسم) — «разделяющий», «распределяющий» (в значении «дарящий блага»). В казахском и киргизском языках звук «с» мог заменять арабский «сы» (эмфатический «с»), поэтому «Кусем» — это местное прочтение «Кусыма». Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркским глаголом «кусу» (блевать, извергать), но в составе имени такая основа выглядит малоправдоподобно, и ономасты обычно отвергают её как случайное созвучие.

Таким образом, Кусембек — это «господин Кусем» или «бек по имени Кусем». Фамилия образована от личного имени, которое давали мальчику, вероятно, в надежде на то, что он станет справедливым распределителем, щедрым хозяином. Суффикс -ов в конце — не тюркский, а русский патронимический формант, указывающий на принадлежность: «сын Кусембека». В среде самих тюрков фамилия могла бы звучать как Кусембеков (с родовым окончанием -ов) или, в бесписьменной традиции, просто Кусембек, что означало бы «из рода Кусембека».

Сословно носители этой фамилии в Российской империи относились к «инородцам» — чаще к казачьему или крестьянскому сословию в степных областях, реже к мелкой кочевой аристократии (султанам или баям). В советское время фамилия закрепилась без изменений, и сегодня её можно встретить в Казахстане, Киргизии, а также среди диаспор в России. Уникальность фамилии — в сохранении редкого арабского корня «Кусым» в тюркской огласовке, что делает её своеобразным мостом между арабской письменной культурой и степной устной традицией.