Фамилия Кусеева образована от мужского имени Кусай (или Кусе́й), которое представляет собой одну из тюркских форм арабского имени Хусаин (Хусейн). В переводе с арабского оно означает «маленький красавец», «хорошенький». У мусульманских народов это имя традиционно почитаемо: Хусейн — внук пророка Мухаммеда, сын Али и Фатимы. На русской почве имя адаптировали, отбрасывая начальный «х» и заменяя «н» на более привычное «й», — так появились варианты Кусай, Кусяй, Кусе́й.

К основе Кусе- прибавили русский фамильный суффикс -ев, который в Поволжье и Приуралье часто присоединяли к тюркским именам. Такая модель типична для татарских, башкирских и чувашских фамилий, оформившихся в XIX веке. Фамилия Кусеева — женская форма, мужская — Кусеев.

Носители фамилии сосредоточены в регионах с преобладанием тюркоязычного населения: Башкортостан, Татарстан, Оренбургская, Челябинская области. Встречается она и среди чувашей, где имя Кусай тоже известно. Социально предки Кусеевых — скорее всего, крестьяне или ремесленники; фамилия не указывает на дворянское происхождение, но и не несет уничижительного оттенка.

В русских говорах слово «кус» имеет значение «кусок», но связывать фамилию с этим корнем ошибочно: суффикс -еев не характерен для славянских прозвищ от существительных (обычно -ов, -ин), а имя Кусай/Кусе́й надежно фиксируется в метрических книгах XIX века у татар и башкир. Таким образом, Кусеева — фамилия с ясной тюркской основой, вошедшая в русский ономастикон через межэтническое взаимодействие.