Фамилия Кусенкова — женская форма фамилии Кусенков, и её происхождение стоит искать в мужском варианте. В основе фамилии лежит прозвище или неканоническое имя Кусенок. Само слово «кусёнок» в русских говорах, особенно северных и сибирских, означало не только «маленький кусок», но и нечто оторванное, отдельное — так могли назвать младшего, оторванного от семьи сына, приёмыша или просто невысокого, щуплого человека. В некоторых диалектах «кусёнок» — это и вовсе «щенок», что добавляет прозвищу ласкательно-пренебрежительный оттенок.

Модель образования проста: к основе Кусенок прибавили суффикс -ов, который в русских фамилиях указывал на принадлежность («чей?» — сын Кусенка). Таким образом, Кусенков — это «сын Кусенка». Суффикс -ок в прозвище уменьшительный, что характерно для имён, данных не при крещении, а в быту: он смягчал исходное значение, превращая грубое «кус» (от «кусать», «откусывать») в более безобидное прозвище.

В ономастике фамилия Кусенков встречается нечасто, что говорит о её локальном бытовании. Географически она тяготеет к центральным и южнорусским областям, но отдельные гнёзда носителей зафиксированы в Воронежской и Ростовской областях. Интересно, что однокоренные фамилии — Кусакин, Кусков, Укусов — образованы от той же глагольной основы «кусать», но Кусенков выделяется именно уменьшительным суффиксом, который мог указывать на молодость или невысокий социальный статус первого носителя.

Версия о происхождении от тюркского корня (например, от «кус» — «птица») маловероятна: русская суффиксальная модель -енок + -ов нехарактерна для заимствованных основ, а звучание фамилии легко объясняется славянской лексикой. Скорее всего, предок носителя фамилии получил прозвище за внешность или положение в общине — как «маленький кусок» от большого рода.