Фамилия Кустенков в своей основе имеет прозвище или нецерковное имя Кустенко. На первый взгляд, связь с «кустом» кажется очевидной, но это не единственная версия, и не самая точная. Слово «куст» в русских говорах имело и переносные значения: так могли назвать коренастого, приземистого человека, либо, наоборот, того, кто «пустил корни» на одном месте и никуда не уезжал. Однако в основе фамилии лежит не столько сам «куст», сколько уменьшительная форма от него — «кустенок», то есть «маленький куст» или «кустик». Такие прозвища по сходству с растениями давали невысоким людям или детям, которые, как кустики, держались рядом с родителями.

Суффикс -енк- в корне указывает на украинское или южнорусское происхождение основы. В украинском языке суффикс -енко образует фамилии со значением «сын такого-то» или «маленький, молодой». Таким образом, Кустенко — это «сын Куста» или «маленький Куст». Фамилия Кустенков — это уже русская адаптация этой модели: суффикс -ов добавили, чтобы приспособить украинскую фамилию к русской грамматике (чьих будете? — Кустенковы). Такая трансформация была массовой в XVII–XIX веках, когда носители фамилий на -енко переселялись в великорусские губернии.

Встречается Кустенков преимущественно на юге России и в Поволжье, что подтверждает миграционный путь: из малороссийских земель на восток и северо-восток. В старых документах можно найти варианты написания Кустенков и Кустянков — последний связан с диалектным произношением «кустяк» (кустарник). При этом фамилия довольно редкая, не входит в число распространённых, что говорит о локальном бытовании прозвища.

Стоит отбросить версию о связи с польским «kust» (хвост) — она не находит подтверждения в географии фамилии. Гораздо правдоподобнее, что предок носителя этой фамилии был либо невысоким, плотным человеком, либо жил в местности, густо поросшей кустарником, и получил прозвище по месту жительства. В любом случае, Кустенков — это фамилия-характеристика, а не фамилия-профессия, что делает её типичной для крестьянской среды.