Фамилия Кустовинов — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано не с растением, а с человеком. Первое, что приходит в голову — «куст», но суффикс -инов указывает на иную модель. Если бы фамилия происходила напрямую от слова «куст» (например, «живущий у куста»), мы бы получили Кустов или Кустиков. Суффикс -ин- в данном случае — это не патронимический суффикс принадлежности («чей?»), а часть прозвищной основы. То есть прозвище было не «Куст», а «Кустовин» или «Кустин».

Скорее всего, в основе лежит прозвище Кустовина. Так могли назвать человека с пышной, торчащей в разные стороны шевелюрой — «кустом» на голове. В русских говорах «кустовина» — это не только заросли, но и, в переносном смысле, нечто лохматое, взлохмаченное. Другая, более бытовая версия: Кустовина — прозвище нерасторопного, задумчивого человека, который «застыл, как куст». В этом случае фамилия образована по той же модели, что и, например, Бородин (от «борода»), но с суффиксом -овин, который в русской антропонимии встречается нечасто и придаёт основе оттенок увеличительности или пренебрежения.

Третья, самая прозаичная версия — топонимическая. Фамилия могла возникнуть от названия деревни Кустовиново или урочища Кустовина. Такие названия встречаются в центральных областях России, особенно в костромских и вятских говорах, где «кустовина» означала не просто куст, а целую группу кустарников, поросль. Переселенец из такой местности получал прозвище Кустовина, а его дети становились Кустановиновыми.

С географией фамилии всё непросто. Кустовиновы — фамилия редкая, не входящая в сотни самых распространённых. По данным открытых источников, основная масса носителей сосредоточена в Поволжье, особенно в Нижегородской и Кировской областях, а также в Пермском крае. Это как раз зона бытования севернорусских говоров, где слово «кустовина» в значении «кустарник» было в ходу. За пределами этих регионов фамилия почти не встречается, что подтверждает её локальное происхождение.

Сословный состав предков установить сложно: фамилия недворянская, не семинарская (латинских или греческих корней нет). Скорее всего, это фамилия крестьянская или посадская, возникшая в XVII–XVIII веках, когда закреплялись прозвища за целыми семьями. В ревизских сказках XVIII века Кустановиновы могли записываться как Кустановины или даже Кустановы — путаница с суффиксами в то время была обычным делом. Так что при поиске своих корней стоит проверять все варианты написания, включая Кустанов и Кустановин.