Фамилия Кустова — женская форма фамилии Кустов, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем Куст. В основе лежит нарицательное «куст», но значение у этого прозвища могло быть разным, и здесь есть несколько версий, не исключающих друг друга.

Самое прямое объяснение — прозвище дали по месту жительства: человек, живший в густых зарослях кустарника, получал прозвище Куст. Однако в московских и владимирских говорах слово «куст» имело и профессиональный оттенок. Кустами или кустарями там называли мелких фабричных промышленников, ткачей, работавших на дому, а также барышников, торговавших сырьём для текстильного дела. Так что предок носителя фамилии вполне мог быть ремесленником-надомником или перекупщиком.

Есть и сибирская версия: в некоторых регионах Кустом могли прозвать бродягу или человека без постоянного крова, который «кустился» — то есть скитался, не имея своего угла. Эта гипотеза менее распространена, но имеет право на существование, особенно если учесть географию ранних документальных упоминаний.

Сведения о Кустовых встречаются в архивных документах XIX века, причём география широкая. В Книге памяти Амурской области записан Кустов Агапий Яковлевич, родившийся в 1863 году в Пермской области. Из документов Томской области известен Кустов Аким Назарович (1870 года рождения), проживавший в Новосибирской области, в Кочковском районе. В Книге памяти Нижегородской области есть запись о Кустове Афанасии Степановиче (1873 года рождения) из города Городец. Эти разрозненные записи показывают, что фамилия была распространена и на Урале, и в Сибири, и в центральной России.

Что касается суффикса: фамилия Кустов (а от неё Кустова) образована по самой распространённой русской модели — с помощью суффикса -ов, который указывает на принадлежность («чей?» — сын Куста). Это типичная «патронимическая» фамилия, то есть образованная от прозвища отца. В итоге, кем бы ни был первый Куст — ткачом, барышником, бродягой или просто человеком, жившим у кустов, — его потомки стали Кустовыми.