Фамилия Кустинская — женская форма фамилии Кустинский, и её разумнее всего разбирать в мужском варианте. Это типичная «географическая» фамилия, образованная по модели, хорошо знакомой носителям русского языка: основа + суффикс -ск(ий). Такие фамилии чаще всего указывали на происхождение человека из определённого места. Предок Кустинского мог быть выходцем из деревни или села с названием Кустино, Кустинка или Кустин. Такие топонимы встречаются в России, особенно в центральных областях, и образованы от слова «куст» — заросли, группа деревьев или кустарника. Название селения могло возникнуть из-за густых кустарников вокруг или же по фамилии первого поселенца.

Суффикс -ск(ий) в русских фамилиях — признак дворянского или духовного происхождения, но не всегда. В XIX веке такие фамилии активно давали в семинариях: выпускникам могли присваивать фамилию по названию родного села или по красивому, «благозвучному» корню. «Кустинский» мог быть семинарской фамилией, искусственно образованной от слова «куст» — возможно, как символ смирения или простоты, либо по месту рождения будущего священника.

Менее вероятная, но возможная версия — прозвищная основа. В говорах «куста» или «кустина» могло означать невысокого, коренастого человека, того, кто «кустится» — сидит на месте, не выходит в люди. Однако для фамилии на -ский такое прозвище нетипично: обычно прозвища давали основу для фамилий на -ов/-ев или -ин.

С точки зрения словообразования фамилия прозрачна: корень «куст-», суффикс «-ин-» (притяжательный, указывающий на принадлежность к Кусте или Кустине), затем суффикс «-ск-» и окончание. Это редкий случай, когда в основе лежит не имя, а нарицательное слово, но с двойным суффиксом, что подчёркивает «книжный» или официальный характер фамилии. Встречаемость фамилии Кустинская невысокая, она распространена в основном на северо-западе России и в Сибири — там, куда переселялись крестьяне из центральных губерний. Если ваши предки носили эту фамилию, стоит искать корни в небольших сёлах с названием Кустино — такие есть, например, в Тверской и Костромской областях.