Фамилия Кусекеева — редкий пример, где исходное слово почти не изменилось, а суффикс указывает на конкретную модель происхождения. Основа здесь — «Кусекей», а окончание «-ева» (женский вариант от мужского «Кусекеев») работает как притяжательный суффикс, который в русской традиции закрепился за фамилиями из тюркских языков. Это значит, что фамилию образовали от личного имени или прозвища Кусекей.

Само имя Кусекей, скорее всего, составное. Первая часть — «кус» или «күс» в тюркских языках означает «сила», «мощь» или «птица» (в зависимости от диалекта). Вторая часть — «кей» (от «кый» или «кей») — уменьшительно-ласкательный аффикс, характерный для казахских и башкирских имён. Таким образом, Кусекей могло означать «силач» или «крепкий», а в варианте с «птицей» — «соколёнок», «птенец». В любом случае, это было прозвище, данное человеку за физическую стать или ловкость.

Географически фамилия Кусекеева привязана к южным регионам России и северному Казахстану. Наиболее плотно она встречается в Оренбургской области, реже — в Башкортостане и Челябинской области. Это указывает на то, что предки носителей фамилии относились к башкирским или казахским родам, которые в XVIII–XIX веках переходили на оседлый образ жизни и получали фамилии по имени старшего в семье. Суффикс «-ев» вместо «-ов» здесь не случаен: он типичен для фамилий, образованных от основ на мягкий согласный (Кусекей → Кусекеев), и отличает их от фамилий на твёрдый согласный.

В отличие от многих русских фамилий, у Кусекеевой нет варианта с суффиксом «-ин», потому что основа не оканчивается на «-а» или «-я». Это делает её словообразовательно прозрачной: если вы встречаете фамилию Кусекеев, можете быть уверены, что её родоначальника звали Кусекей. Никакой другой корень (например, от слова «кусок» или «кусать») здесь не работает — это был бы ложный ход.

Сословно предки Кусекеевых, скорее всего, были государственными или ясачными крестьянами из башкир, реже — казаками. Фамилия не дворянская и не купеческая: в ревизских сказках XIX века такие фамилии встречаются в списках «инородцев», плативших подать. Сегодня она остаётся редкой — по открытым данным, в России её носят не более нескольких сотен человек, и почти все они сосредоточены в тех же регионах, где фамилия возникла.