Фамилия Кусекеев — редкий случай тюркской антропонимии, где суффикс -ев не скрывает русскую адаптацию, а прямо указывает на казахское или башкирское происхождение. Основа фамилии — личное имя Кусекей, которое в тюркских языках имеет прозрачную структуру: корень «кус» (птица) и уменьшительно-ласкательный аффикс -кей. Дословно Кусекей — «птичка», «пташка». Такие имена давали детям как пожелание лёгкости, свободы или просто из нежности, без глубокого сакрального смысла.

Модель образования фамилии типична для казахской ономастики: к имени Кусекей добавили русский патронимический суффикс -ев, который в XIX–XX веках закрепился у многих тюркских народов при оформлении фамилий по русскому образцу. Окончание -ев, а не -ов, указывает, что основа оканчивалась на мягкий согласный или гласный — в данном случае на й. Встречается и вариант написания Кусекеев, где двойное «е» отражает произношение с долготой.

Географически фамилия тяготеет к западному Казахстану и прилегающим районам Оренбургской области. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках Кусекеевы фиксировались среди казахов Младшего жуза, реже — у башкир. Социальный слой — скотоводы, охотники, ремесленники; никаких следов дворянства или купечества нет.

Спорных версий происхождения почти не возникает. Иногда основу путают с арабским именем Хусайн (Хусейн), но фонетически Кусекей — самостоятельное тюркское имя, не связанное с исламской антропонимией. Сравнение с фамилиями Кусаинов или Кусеев показывает разную словообразовательную механику: там суффикс -ин и корень от Хусайна, здесь — чисто тюркский ласкательный вариант.

В современных базах данных фамилия остаётся малочисленной — не более нескольких сотен носителей, сосредоточенных в Актюбинской и Западно-Казахстанской областях Казахстана, с небольшим ответвлением среди татар и башкир Челябинской области.