Фамилия Кускеев образована по самой распространённой в русском языке модели — с помощью патронимического суффикса -ев, который указывал на принадлежность: «чей?» — Кускеев, то есть сын или потомок Кускея. Основа здесь — мужское личное имя или прозвище Кускей. Такая форма характерна для тюркских языков: суффикс -ей часто встречается в именах и прозвищах (например, Алтей, Буртей, Кендей). В основе может лежать тюркское слово «кус» — птица. Тогда Кускей — это «птичий», то есть человек, связанный с птицами: либо охотник на птиц, либо сокольник, либо обладатель быстрого, «птичьего» характера.

Есть и другая версия, менее вероятная, но допустимая: связь с башкирским или татарским словом «кускэ» — кусок, часть. В этом случае прозвище Кускей могло относиться к человеку невысокого роста или к тому, кто получал долю в общем деле. Однако фонетически форма Кускей с конечным -ей больше тяготеет к первой, «птичьей» версии.

География фамилии Кускеев довольно узкая. Основной массив носителей сосредоточен в Оренбургской области, в Башкортостане и в Челябинской области — то есть в зоне давнего контакта русского и тюркского населения. Это подтверждает тюркское происхождение основы. В XVIII–XIX веках в этих краях активно формировались фамилии у крещёных татар, башкир и тептярей, и Кускеев — типичный пример такой фамилии, где русский суффикс присоединился к местному имени.

Среди однокоренных фамилий — Кусков, Кускин, Кускаев. Но Кускеев стоит особняком: если Кусков чаще всего ведут от слова «кусок» (прозвище полного человека), то Кускеев сохраняет тюркский корень. В документах XIX века встречаются варианты написания: Кускѣевъ, Кускеевъ, изредка Кускей. Ударение в фамилии почти всегда падает на второй слог — Кускéев, хотя в некоторых говорах могут произносить и Кýскеев.