Фамилия Кускенова имеет тюркские корни и образована по распространённой в Казахстане и среди башкир, татар модели: к основе, чаще всего имени или прозвищу, добавляется притяжательный аффикс -ов/-ев (в женском роде -а), который в русской традиции закрепил фамилию за родом. Основа здесь — «Кускен». Это имя или прозвище, которое в тюркских языках (особенно в казахском и башкирском) может восходить к глаголу «күскен» — «перекочевавший», «переселившийся», или к слову «күс» (сила, мощь) с уменьшительным суффиксом. То есть Кускен — это человек, который либо пришёл с другого места (пришлый, кочевник), либо, что менее вероятно, «силач» или «крепкий».

Вторая версия, более конкретная и правдоподобная, связывает фамилию с казахским именем Күскен. В дореволюционной казахской среде имена часто давали по событиям или обстоятельствам рождения: если ребёнок родился во время перекочёвки, его могли назвать Көшкен или Күскен. Позже, при переходе на русскую систему фамилий в XIX — начале XX века, это личное имя закрепилось за потомками как фамилия. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «из рода Кускена».

Фамилия Кускенова почти не встречается за пределами тюркоязычных регионов России и Казахстана. Это не случайно: её географическая привязка узкая. Большинство носителей живут в Оренбургской, Челябинской областях, в Башкортостане и в Западном Казахстане. В отличие от фамилий на -ин или -ский, которые могли указывать на сословие или место, Кускенова — типичный пример «родовой» фамилии, которая говорит о происхождении от конкретного человека, а не о профессии или территории. Социально это, скорее всего, фамилия потомков скотоводов или крестьян, у которых личное имя было единственным отличительным признаком рода.

В написании фамилии возможны варианты: Кускенов (мужская форма) и Кускенова (женская). Иногда встречается написание через «ё» — Кускёнова, но это редкое искажение при передаче на русский язык. Для этимолога фамилия интересна тем, что сохранила в основе архаичную тюркскую лексику, связанную с кочевым бытом, и не имеет параллелей в славянской ономастике.