Фамилия Кускенов — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все прочие версии. Её основа — Кускен — не встречается в старых московских или новгородских боярских списках, зато хорошо известна в Поволжье и Приуралье. Скорее всего, перед нами русифицированная форма тюркского имени или прозвища, которое через суффикс -ов превратилось в фамилию.

Разбираем словообразовательную модель. Суффикс -ов стандартно указывает на принадлежность: «чей?» — Кускенов, то есть сын или потомок Кускена. Само имя Кускен — это, вероятно, искажённое тюркское Кюскен или Кюсюкен. В башкирском и татарском языках есть корень «кюс» — «сила, мощь», а также «кюсюк» — «щенок, детёныш». Вторая версия кажется неожиданной, но в кочевой среде прозвища по детёнышам животных (Барс, Кот, Тигр) были распространены и не несли унизительного оттенка — скорее, указывали на молодость, проворство или внешнее сходство.

Есть и альтернативная гипотеза, которую приводят любители топонимики: Кускен мог быть образован от названия реки или урочища. В Оренбургской области и Башкортостане встречаются гидронимы с основой «кус» (птица) и «кен» (широкий, просторный). Однако эта версия слабее: фамилии от топонимов обычно оформляются суффиксами -ский/-цкий (Кускенский), а не -ов. Поэтому прозвищное или лично-именное происхождение надёжнее.

Социальный контекст фамилии типичен для второй половины XIX века. Кускеновы — это, скорее всего, бывшие государственные или удельные крестьяне из смешанных русско-тюркских районов. Фамилия не дворянская, не купеческая и не духовная: её носители не попали ни в «Бархатную книгу», ни в списки почётных граждан. Зато она хорошо сохранилась в метрических книгах Оренбургской и Уфимской губерний, что подтверждает её «степное» происхождение.

Отдельно стоит обратить внимание на написание. В дореволюционных документах фамилия могла записываться как Кускинов (с заменой «е» на «и» под влиянием акающих говоров) или даже Кускеновъ с твёрдым знаком на конце. Но современная форма закрепилась именно через «е» — возможно, под влиянием литературной нормы, где «Кускен» звучит ближе к исходному тюркскому прототипу, чем «Кускин».

Однокоренных фамилий в русском ономастиконе практически нет. Это отличает Кускеновых от, скажем, Кузнецовых или Петровых: у них нет «родни» в виде Кусковых (те от слова «кусок») или Кускова (от старого прозвища Куско). Фамилия стоит особняком, что только подтверждает её локальный и этнически смешанный характер.