Фамилия Кусегенова — характерный пример фамилии, образованной по казахской или башкирской модели. Её основа — мужское имя Кусеген (Кусеген), которое в тюркских языках складывается из двух частей: «кус» (птица) и «еген» (хозяин, владелец). Буквально имя можно перевести как «хозяин птицы» или «птицелов». В кочевой культуре это могло быть как прозвищем удачливого охотника на хищных птиц (беркута, ястреба), так и именем-пожеланием, чтобы мальчик вырос ловким, как птица.

Суффикс -ов(-а) в окончании — типичный русский патронимический формант, который в XIX–XX веках присоединяли к тюркским именам при русификации документов. Таким образом, фамилия Кусегенова означает «принадлежащая роду Кусегена», то есть потомка человека по имени Кусеген.

Географически фамилия тяготеет к Оренбургской области, Башкортостану и западному Казахстану. В этих регионах встречаются как башкирские, так и казахские носители, причём ударение может падать на второй или третий слог — это сохраняет следы местного произношения исходного имени.

Мужской вариант — Кусегенов — образован по той же схеме, что и русские фамилии от неканонических имён (вроде Соколов или Орлов), но с тюркским корнем. Написание с буквой «е» в первом слоге (Кусегенов, а не Кусэгенов) — результат адаптации к русской орфографии, где звук «э» после мягких согласных передаётся через «е». В дореволюционных метрических книгах можно встретить варианты Кусегенев или Кусегинов — они отражают диалектное произношение.

О сословной принадлежности сказать сложно: носители фамилии встречаются и среди крестьян-скотоводов, и среди казачества. Поскольку имя-основа не связано с духовным званием или дворянским титулом, вероятнее всего, предки были вольными или государственными крестьянами, занимавшимися охотой или птицеводством.