Фамилия Кусегейнов звучит непривычно для русского уха, и это не случайно: её корни уходят в тюркскую языковую среду. В основе лежит мужское имя Кусегей, которое, скорее всего, является сложносоставным. Первая часть «кус» в казахском и других тюркских языках означает «птица», а в переносном смысле — «ловчий», «сокольник». Вторая часть «гей» (или «гирей») — распространённый компонент в именах, восходящий к титулу «Гирей», который носили крымские ханы, или к значению «сильный», «могучий». Таким образом, Кусегей можно перевести как «птица-Гирей» или «соколиный правитель» — имя с явным аристократическим или воинским оттенком.

Фамилия образована по классической для тюркских народов модели: к имени Кусегей добавили русский патронимический суффикс -ов, который в процессе русификации и адаптации в документах превратился в -ев (после мягкого «й»). В итоге Кусегейнов означает «потомок Кусегея». Такая модель характерна для казахов, татар и башкир, чьи фамилии массово оформляли по русскому образцу в XIX — начале XX века, особенно при переходе на оседлость и получении паспортов.

Географически фамилия Кусегейнов встречается почти исключительно в Казахстане, а также среди казахской диаспоры в России (особенно в Оренбургской, Астраханской областях). В дореволюционных списках она редка, что говорит о её формировании в поздний период — скорее всего, в конце XIX века, когда у казахов начали фиксировать наследственные фамилии вместо простых отчеств.

В отличие от многих фамилий, где основа утратила значение, Кусегейнов сохраняет прямую связь с именем-прозвищем. Предок носителя, вероятно, был человеком заметным — либо занимался соколиной охотой (престижным занятием знати), либо получил имя в честь какого-то события. Спорных версий у фамилии нет: тюркское происхождение очевидно, а русский суффикс лишь указывает на время её записи.