Фамилия Кусепгалиева — редкий пример сложения двух основ в русской передаче. Её исходная форма — Кусепгалиев, а женский вариант образован по стандартной модели прибавлением окончания -а. Разбирать фамилию по частям стоит не с суффикса, а с корня: перед нами составное имя, которое стало фамилией.

Первая часть — Кусеп. Это диалектный или разговорный вариант арабского имени Хусайн (Хусейн) — уменьшительная форма от «хороший, красивый». В тюркских языках, особенно у казахов, башкир, татар и ногайцев, звук «х» часто переходил в «к», а «с» смягчался до «с»: так Хусайн превращался в Кусен, Кусеп. Вторая часть — гали, восходящая к арабскому «али» — «высокий, возвышенный» (отсюда имя Али). Вместе Кусепгали — сложносоставное имя, типичное для мусульманской ономастики: «красивый и возвышенный» или «Хусейн и Али» (соединение имён двух почитаемых фигур). Такие парные имена встречаются у тюркских народов, где родители хотели «вложить» в ребёнка достоинства обоих праведников.

Суффикс -ев указывает на русскую адаптацию фамилии. Он присоединялся к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или «й». В паспортных записях XIX–XX веков многие тюркские фамилии получали именно такой суффикс, чтобы вписаться в русскую грамматику. Кусепгалиев — типичная «патронимическая» фамилия: она означает «сын Кусепгали». В родной среде (у казахов, например) она могла бы звучать как Күсепғалиұлы, но в документах закрепилась русифицированная форма.

Географически фамилия тяготеет к Западному Казахстану, Астраханской области и северному Прикаспию — регионам, где веками жили казахи и ногайцы. Встречается она и у башкир, но реже. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках Кусепгалиевы почти не фиксируются: это говорит о том, что фамилия оформилась относительно поздно, скорее всего, в начале XX века, когда тюркское население массово получало постоянные фамилии.

Кем могли быть предки? Скорее всего, скотоводами или мелкими торговцами в степной полосе. Само имя Кусепгали — не княжеское и не духовное, а народное, бытовавшее в среде простых кочевников. В отличие от фамилий на -ов или -ин, которые в русской среде нередко указывали на профессию отца, здесь основа — личное имя, и социальный статус носителя мог быть любым: от зажиточного бая до бедняка-джатака. Единственное, что можно сказать с уверенностью: предки Кусепгалиевых были мусульманами-суннитами, говорили на одном из тюркских языков и жили в зоне контакта степи и русских поселений.