Фамилия Кусей — редкий пример прозвища, которое закрепилось в качестве родового имени без типичных фамильных суффиксов (-ов, -ин, -ский). Такая модель образования характерна для украинской и южнорусской традиции, где прозвище нередко переходило в фамилию в исходной форме.

Скорее всего, основа фамилии — глагол «кусать». В русских говорах прозвищем Кусей могли наградить злое, кусачее животное, а переносно — человека с тяжелым, агрессивным нравом, склонного к резким вспышкам. В этом смысле фамилия относится к «характерологическим»: по ней можно было сразу представить, какого нрава предок.

Однако есть и другая версия, уводящая в тюркские языки. В киргизском слово «куса» означает «тоска, печаль». Если прозвище пришло оттуда, то Кусеем называли человека задумчивого, меланхоличного, постоянно погруженного в грусть. Этот вариант менее вероятен для центральной России, но возможен в регионах с тюркским влиянием — в Поволжье, на Урале, в Сибири.

Иногда фамилию связывают с диалектным словом «куса» — так в некоторых областях называли кислое, квашеное блюдо или просто что-то кислое на вкус. Тогда прозвище могло закрепиться за гурманом, любителем кислых щей, квашеной капусты или солений. Но эта гипотеза скорее народная, чем научная: в ономастических словарях она не встречается.

Фамилия Кусей очень редкая. Встречается в основном на юге России и в Украине, а также среди потомков переселенцев в Сибири. Известных носителей с широкой известностью нет, что только подчеркивает ее локальный, «домашний» характер — она из тех фамилий, которые не вышли за пределы одного села или рода.