Фамилия Кущугукова — редкий пример фамилии, в основе которой лежит не славянское имя или прозвище, а тюркское слово, причём с характерным для кавказского региона суффиксом. Она образована по модели, типичной для народов Северного Кавказа, особенно для осетин, кабардинцев, балкарцев и карачаевцев: к личному имени или прозвищу добавлялся суффикс -ов/-ев, а затем фамилия русифицировалась окончанием -а для женского рода. В мужском варианте фамилия звучит как Кущугуков.

Корень «Кущугук» — это, скорее всего, уменьшительная или ласкательная форма от тюркского имени Кущ (Куш, Кущ). «Кущ» в тюркских языках означает «птица» (ср. карачаево-балкарское «къуш» — орёл, сокол). Суффикс -ук/-гук в тюркских языках Кавказа часто придаёт слову значение «маленький», «младший» или «сын» (например, в кабардинском языке суффикс -гуэ/-куэ указывает на уменьшительность). Таким образом, Кущугук могло означать «птенец», «орлёнок» или «сын Куща» — то есть прозвище, данное младшему в роду или человеку с лёгким, быстрым нравом, ассоциируемым с птицей.

Версия о происхождении от личного имени Кущ (Куш) — наиболее правдоподобная. Имя Куш встречается у народов Северного Кавказа, например, у кабардинцев и осетин, и нередко становилось основой для фамилий (Кушев, Кушхов). Вторая, более спорная гипотеза — связь с арабским словом «куш» (от арабского «кувва» — сила), но она менее убедительна, так как арабские заимствования в кавказских фамилиях обычно проходили через исламские имена, а в данном случае форма с суффиксом -гук выдает местное, бытовое происхождение.

Географически фамилия Кущугукова тяготеет к Кабардино-Балкарии и Карачаево-Черкесии. Встречается она редко, что указывает на локальное бытование в одном-двух аулах или на принадлежность к конкретному роду (тейпу). В дореволюционной России носители такой фамилии были, вероятнее всего, горцами-мусульманами, и фамилия закрепилась за ними в документах при учете населения в XIX веке, когда царская администрация активно записывала горцев по отчеству или прозвищу с русским окончанием.

Таким образом, Кущугукова — это фамилия, которая буквально переводится как «принадлежащая к роду маленького Куща» или «потомка Куща». Она хранит в себе память о тюркском имени-тотеме (птица) и о кавказской традиции именования по младшему родственнику.