Фамилия Кущугулова — редкая и сложная по составу. Её основа не встречается в списках самых распространённых русских фамилий, что указывает на позднее оформление или на происхождение из нерусской языковой среды, скорее всего, тюркской. Чтобы понять её значение, нужно разобрать слово по частям, а не искать готовый перевод.

Вероятнее всего, в основе лежит тюркское прозвище или имя Кущугул. Оно состоит из двух корней. Первый — «куш» (в разных тюркских языках — «птица», «орёл», реже «пара» или «двойня»). Второй — «кул» («раб», «слуга», часто в религиозном смысле — «раб Божий»). Суффикс «-гул» (или «-гол») в тюркских именах часто придаёт слову значение принадлежности или качества. Таким образом, Кущугул могло означать «птица-слуга» (например, сокол при охоте) или быть личным именем с пожелательной семантикой — «будь быстрым, как птица, и преданным». Окончание «-ова» — это русский патронимический суффикс, который добавили при оформлении фамилии по русской модели (чья? — Кущугулова дочь/жена). То есть фамилия изначально женская, образованная от мужской Кущугулов.

Географически фамилия с таким корнем тяготеет к регионам, где исторически смешивались тюркские и русские фамильные традиции: Башкортостан, Татарстан, Оренбуржье, Казахстан. Носители фамилии — потомки тех, кто первым получил прозвище Кущугул. Сословная принадлежность могла быть разной: от крестьян до служилых людей, так как прозвища, связанные с охотничьими птицами, нередко давали людям, состоявшим при конной или соколиной охоте. Сведений о широкой известности фамилии в дворянских родословных книгах нет, что указывает на её преимущественно крестьянское или казачье бытование.

Написание фамилии устойчивое, с двойным «у» в середине, что редкость. Встречаются варианты Кущугулов (мужская форма) и ошибочное написание через «а» (Кущагулова), но исходная форма закрепилась с буквой «у». Для точного определения корня необходимы данные местных говоров, но лингвистически модель «основа-прозвище + русский суффикс» для этой фамилии является основной и наиболее правдоподобной.