Фамилия Кушеккалиева — редкий пример сложения двух тюркских основ, где каждая часть несёт самостоятельный смысл. В отличие от большинства фамилий на -ов/-ев, образованных от одного прозвища или имени, здесь мы видим составную конструкцию, характерную для казахской и отчасти башкирской антропонимии.

Первый компонент — «кушек» — восходит к тюркскому «куш» (птица) с уменьшительным аффиксом -ек. В прямом значении «кушек» — пташка, мелкая птица. В переносном — ласковое прозвище для подвижного, лёгкого человека или, реже, ироничное для того, кто суетится без толку. Второй корень — «кали» — спорный. Самая вероятная версия: это вариант имени Қали (от арабского خالي — «пустой», «свободный»), которое в тюркской среде осмыслялось как «богатый», «достаточный» (по принципу защитного имени: назвать пустым, чтобы злые силы не позарились). Менее убедительно возводить «кали» к калмыцкому «кал» (остаток) — географически фамилия локализуется в западном Казахстане, где контакты с калмыками были, но след в именах дал бы скорее «Калмыков».

Модель образования типична для казахских фамилий советского периода: к основе Кушеккали добавили русский суффикс -ев (женский вариант -ева), закрепивший фамилию в документах. До 1930-х годов носители этой фамилии, скорее всего, записывались как Кушеккали без окончания — по отцу или деду. Фамилия не дворянская и не купеческая: её носители — выходцы из кочевых скотоводческих родов, где прозвище «Пташка-Қали» закрепилось за конкретным предком.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает редкость сложения: есть Кушеков (от «куш» + «ек»), есть Калиев (от «кали»), но именно сдвоенная форма встречается в единичных семьях, преимущественно в Атырауской и Мангистауской областях Казахстана. В России фамилия практически не представлена.

Написание через двойное «к» (Кушеккалиева) не случайно: первая «к» принадлежит первому корню, вторая открывает второй. Встречающееся в документах ошибочное написание «Кушекалиева» (с одной «к») стирает эту границу и затрудняет этимологию.