Фамилия Кушеккалиев начинается с редкого для русских фамилий компонента — тюркского имени Кушеккали. Это составное имя, где первая часть, «куш», с казахского и других тюркских языков переводится как «птица», а вторая — «кали» — это арабо-тюркская форма имени Халил (близкий друг, верный, а также возлюбленный, чаще всего по отношению к Аллаху). Таким образом, Кушеккали можно понять как «птица-друг» или метафорически «вольный, как птица, верный человек». Встречается и версия, что «куш» здесь — не птица, а сокращение от «кушшы» (сокольник, птицелов), то есть имя могло означать «сокольник Халил» — прозвище по занятию, ставшее личным именем.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ев, который присоединяется к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или -й. В данном случае основа — Кушеккали, и фамилия Кушеккалиев буквально значит «потомок Кушеккали». Это типичная для XIX–XX веков фамилия, когда у казахов и других народов Центральной Азии при переходе к оседлости и паспортизации к отцовскому имени добавляли русский патронимический суффикс.

Географически фамилия Кушеккалиев почти наверняка привязана к Западному Казахстану, в частности к Атырауской и Мангистауской областям, а также к соседним регионам России (Астраханская область, Калмыкия), где живут казахи. Встречаются носители и среди каракалпаков. В русском написании иногда путают с фамилией Кушекалиев (без двойной «к»), но исходная форма с двумя «к» точнее передаёт тюркское произношение, где «куш» и «ек» (другая огласовка) — разные корни.

Предки носителя фамилии, скорее всего, были скотоводами или охотниками, а само имя Кушеккали давалось как пожелание мальчику быть ловким, быстрым и преданным. Сословно это, вероятно, были простые кочевники, не принадлежавшие к знати, так как сложные составные имена с бытовыми метафорами характерны именно для народной среды.