Фамилия Кушеков чаще всего имеет казахское происхождение. В её основе лежит прозвище Кушек, которое восходит к казахскому слову «күш» — «сила». Скорее всего, основатель рода выделялся физической мощью, за что и получил такое прозвище, впоследствии закрепившееся как фамилия.

Однако есть и другие версии, связанные с русской языковой средой. Согласно одной из них, прозвище Кушек произошло от слова «кушка» — так в старину косарь называл ёмкость с водой и бруском для правки лезвий. В этом случае прозвище указывало на профессию: предок мог быть косарем или мастером, изготавливающим такие «кушки».

Ещё одна гипотеза ведёт происхождение фамилии от слова «кушак» — широкий пояс или опояска, которую носили поверх верхней одежды. Тогда прозвище Кушек мог получить ткач, занимавшийся изготовлением поясов.

Словообразовательная модель фамилии проста: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), то есть Кушеков буквально означает «сын Кушека» или «потомок Кушека». Фамилия распространена в Казахстане и среди тюркоязычных народов, что подтверждает её основную, «силовую» версию, но не исключает и профессиональных гипотез, особенно в смешанных регионах.