Фамилия Кушекенов — редкий пример, в котором русский фамильный суффикс наложился на тюркское имя собственное. Разобрать её стоит не с корня, а с форманта: окончание -ов указывает на стандартную модель русской фамилии, которую в XIX–XX веках массово присваивали представителям нерусских народов империи. Это значит, что перед нами не исконно славянская фамилия, а обрусевшая форма, возникшая при документальном учёте.

Основа «Кушекен» — это, скорее всего, казахское или тюркское составное имя. В казахском языке «куш» означает «сила», «мощь», а «кен» — суффикс, образующий прилагательные или имена с оттенком обладания (сравните: байкен, жолкен). Таким образом, Кушекен можно перевести как «сильный», «обладающий силой». Встречаются и параллели с именем Кушікен — уменьшительно-ласкательная форма от «Куш» («силач»). Менее вероятна, но возможна связь с диалектным «кушік» (щенок) — в этом случае имя могло быть охранительным, чтобы злые духи «не позарились» на ребёнка.

Географически фамилия привязана к Казахстану и приграничным регионам России (Астраханская, Оренбургская области). Встречается она редко, что говорит о её локальном происхождении: её носители — потомки одного рода или аула. В дореволюционных ревизских сказках и метрических книгах фамилия могла писаться иначе: Кушекеновъ, Кушекенов, с вариацией через «о» — Кушикенов, но суффикс -ов оставался неизменным, закрепляя фамилию в русской административной традиции.

Сословно предки Кушекеновых, вероятно, относились к казахам-кочевникам, которые при переходе к оседлости и получении паспортов получали фамилии по имени отца или деда. Никаких дворянских корней или купеческих династий здесь не прослеживается — это фамилия, рождённая в степи и записанная чиновником.