Фамилия Кушукенов — яркий пример антропонимики, уходящей корнями в тюркскую языковую среду. Её основа — личное имя Кушукен, которое восходит к тюркскому слову «куш» — «птица». В именах многих тюркских народов (казахов, киргизов, татар, башкир) птица символизирует свободу, лёгкость, зоркость, а иногда и особый родовой тотем. Уменьшительно-ласкательный формант «-кен» (или «-кан») придаёт имени значение «птичка», «птенчик» — так могли назвать желанного, долгожданного ребёнка, особенно если в семье до этого дети умирали или рождались только девочки. Считалось, что имя-оберег «спрячет» малыша от злых сил.

Словообразовательная модель здесь проста и прозрачна. Русский патронимический суффикс «-ов» присоединился к тюркскому имени Кушукен, образовав фамилию по принципу «чей?» — то есть «сын Кушукена». Это типичная для XIX–XX веков русификация фамилий у народов, входивших в состав Российской империи. Фамилия не имеет славянского корня и не связана с прозвищами, ремёслами или географическими названиями — она целиком восходит к дохристианскому личному имени.

Географически фамилия Кушукенов наиболее частотна среди казахов, особенно в Западном Казахстане и прилегающих регионах России (Астраханская, Оренбургская области). Встречается также у киргизов и ногайцев. Встречается и вариант написания с одной «н» — Кушукенов, но он менее распространён и скорее является результатом упрощения при записи в документах.

Социальный контекст: носители фамилии — потомки скотоводов и кочевников. В родоплеменной структуре казахов имя Кушукен могло принадлежать человеку из рода, почитавшего птицу как тотем, но это лишь предположение, не подтверждённое генеалогическими данными. Сословной принадлежности у фамилии нет — её могли носить как рядовые общинники, так и представители знати, поскольку имя было распространённым и нейтральным.

Редкий суффикс «-кен» в составе основы отличает эту фамилию от более массовых Кушуков или Кушкин. Он указывает на конкретное имя, а не на прозвище, и делает фамилию более архаичной, сохранившей раннюю форму имени до его сокращения.