Фамилия Кушекенова — казахская, с ярко выраженной родовой структурой. Она образована от мужского имени Кушекен, что сразу указывает на отчество в третьем поколении: Кушекен — сын Кушеке, внук Куша. Такая модель — основа (личное имя) плюс аффикс -ов/-ев или -ова — характерна для русифицированных фамилий тюркских народов, которые в XIX–XX веках фиксировали в документах по русскому образцу.

Корень «Куш» в тюркских языках означает «птица». В казахской ономастике это распространённый компонент имён, часто связанный с тотемическими представлениями или пожеланием лёгкости, вольности, зоркости. Имя Кушекен — уменьшительно-ласкательная форма с суффиксом -екен, который придаёт оттенок «маленький, милый». То есть Кушекен — это «птичка» или «птенчик». Такие имена давали не от бедности фантазии, а как оберег: считалось, что назвав ребёнка малышом или детёнышем, родители отводят от него злые силы.

В отличие от русских фамилий, где суффикс -ов часто указывает на принадлежность к отцу (Иванов — сын Ивана), здесь он — результат адаптации при записи в метрики или советские паспорта. Изначально носители этой фамилии — казахи из родов, кочевавших в степях Центрального или Западного Казахстана. Имя Кушекен не было редким, но и не входило в десятку самых популярных, поэтому фамилия встречается локально, без массового распространения.

Интересная деталь: в казахском языке ударение в фамилии падает на последний слог — Кушекенова́, что слышно в бытовой речи. В русском произношении часто смещают ударение на третий слог — Кушеке́нова, но это расходится с исходной тюркской интонацией. Если говорить о сословии, то предки Кушекеновых — скотоводы и кочевники, а не аристократия: фамилия образована от личного имени, а не от титула или должности, что типично для основной массы казахского населения.