Фамилия Кускулов, на первый взгляд, кажется составленной по очень простой модели: основа + суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Кускулов сын). Но именно с основой «Кускул» возникают вопросы, и ответы на них ведут в разные стороны. Самая вероятная версия — тюркское происхождение. В некоторых тюркских языках, особенно в башкирском и татарском, есть слово «күскүл» или близкие к нему формы, означающие «перевал», «горный проход» или «кочевье». Прозвище Кускул могли дать человеку, жившему у такого перевала, или тому, кто часто перегонял скот через горы.

Менее распространённая, но лингвистически возможная версия связывает фамилию с арабским корнем «куск» (кость) или с тюркским «кус» (птица) с добавлением уменьшительного суффикла -кул. В таком случае Кускул могло быть ласкательным прозвищем — «птичка» или «косточка» (в смысле худой, жилистый человек). Однако форма с суффиксом -кул в тюркских языках чаще встречается в именах (например, Кул-Ахмет), а не в прозвищах, поэтому версия с географическим термином выглядит убедительнее.

Суффикс -ов однозначно указывает, что фамилия оформлялась в русской среде. Скорее всего, предок носителя фамилии был тюркоязычным (башкир, татарин, казак или ногаец), которого в документах записали по отцу или по прозвищу: «Кускулов» — сын Кускула. Фамилия могла закрепиться в среде служилых татар или башкир, которые переходили на русскую службу в XVI–XVII веках и получали земельные наделы. Географически фамилия редкая, сконцентрирована в основном в Оренбургской области и Башкортостане, что косвенно подтверждает её связь с уральскими степями и предгорьями.

В отличие от многих русских фамилий, у Кускулова нет очевидной славянской основы. Это типичный пример фамилии-«пришельца», где тюркское прозвище получило русское оформление. Встречаются варианты написания «Кускулов» и реже «Кускулев», но последнее — скорее ошибка писаря, так как основа на твёрдый согласный (Кускул) требует суффикса -ов.