Фамилия Кустулиди — одна из тех, что сразу выдают греческое происхождение. Ключевой маркер здесь — суффикс -иди (или -ди), который в греческой ономастике означает «сын» или «потомок». Это аналог русских фамилий на -ов/-ев или грузинских на -дзе. Встречаются варианты написания: Кустулиди, Кустулидис, Кустули, но основная форма на -иди закрепилась на постсоветском пространстве.

Основа фамилии — Кустул (греч. Κουστούλ). Точного значения у этого слова в современном греческом нет, но лингвисты связывают его с диалектным или средневековым прозвищем. Наиболее вероятная версия: от греческого κουστούδι (koustoúdi) — «стража», «караул». Тогда Кустулиди — это «сын стража», потомок человека, который нёс караульную или охранную службу. Менее распространённая гипотеза возводит корень к турецкому küstül — «обиженный», «надутый», что могло быть прозвищем по характеру, но эта версия слабее, так как греческие фамилии с турецкими корнями обычно имеют другие суффиксы.

География фамилии традиционно связана с Причерноморьем — территориями исторического Понта (северо-восток Турции) и Трапезундской империи. После обмена населением между Грецией и Турцией в 1920-х годах носители фамилии оказались в Греции, а в Российскую империю Кустулиди попали раньше — вместе с волнами греческих переселенцев в Крым, Приазовье и на Кубань. В современной России фамилия встречается в Краснодарском крае, Ростовской области и Ставрополье.

Отдельного внимания заслуживает написание. В греческом языке фамилия могла оканчиваться на -ίδης (классическая форма) или -ίδης (византийская). При переходе в русский язык двойное «и» часто упрощалось, и фамилия писалась как Кустулиди. В паспортах советского времени встречается и вариант Кустулидис, но он редок. В отличие от фамилий на -ов, Кустулиди не склоняется по падежам в мужском роде, что типично для греческих заимствований.

Сословно фамилия не даёт точной подсказки: греки в Российской империи были и купцами, и ремесленниками, и крестьянами. Но прозвище «страж» скорее указывает на человека служилого, возможно, из военного или привратного сословия в греческих колониях Причерноморья.