Фамилия Кутенець — редкий случай, когда географический акцент слышен прямо в окончании. Суффикс -ець (в русской передаче часто -ец) почти всегда указывает на выходца с определённой местности: «кто оттуда родом». В украинской и белорусской ономастике этот суффикс особенно распространён, и Кутенець — типичный пример восточнославянской фамилии, образованной по модели «название места + -ець».

Основа фамилии — слово «кут» (угол, укромное место, а также отдельная часть села или хутор). В диалектах «кут» могло означать и «закоулок», и «дальний конец деревни». Соответственно, человек, которого прозвали Ку́тень, жил на отшибе, в глухом углу поселения, или происходил из хутора под названием Кут. Уменьшительный суффик -ень в прозвище Ку́тень придавал оттенок «маленький угол» или «тот, кто живёт в углу». Фамилия Кутенець — это уже «сын Кутеня» или «выходец из Кутеня».

Не стоит путать эту фамилию с русскими фамилиями на -ин или -ов. Модель на -ець — более поздняя по происхождению (XVI–XVII века) и чаще встречалась среди казачества и крестьянства на землях современной Украины и Беларуси. В метрических книгах XIX века фамилия Кутенець фиксируется в основном в черниговском и полтавском регионах, а также на Слобожанщине.

С точки зрения сословной принадлежности, это фамилия недворянская. Носители Кутенець — потомки свободных крестьян или казаков, которые получили фамилию по месту жительства. В отличие от фамилий на -ский, которые часто носили шляхтичи, форма на -ець оставалась простонародной. Таким образом, предки современного носителя фамилии Кутенець почти наверняка жили на хуторе или в глухом конце села, и прозвище закрепилось за их родом как отличительный знак.