Фамилия Кутомкина — женская форма фамилии Кутомкин, которая образована от мужского прозвища Кутомка. В основе лежит диалектное слово «кутома» или «кутомка», известное в ряде русских говоров. В тверских и псковских говорах кутомой называли неповоротливого, мешковатого человека, а также нечто бестолковое или путаное. В вологодских и архангельских диалектах «кутомить» означало «мешать, путать, делать невпопад». Таким образом, прозвище Кутомка давали либо медлительному и нерасторопному человеку, либо тому, кто постоянно создавал путаницу в делах или разговоре.

Словообразовательная модель здесь простая и типичная для русских фамилий: прозвище на -а (-я) плюс патронимический суффикс -ин. Кутомка — Кутомкин — «сын Кутомки», а Кутомкина — «дочь или жена Кутомкина». Суффикс -ин указывает на принадлежность к конкретному роду, что характерно для северных и центральных областей России, где такие фамилии преобладают. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречаются на юге, модель на -ин типична для новгородских, псковских, тверских и владимирских земель.

Фамилия редкая, не входит в число распространенных. Географически её можно встретить в центральных и северо-западных регионах России — в Тверской, Псковской, Новгородской областях, что подтверждает диалектное происхождение основы. Встречаются варианты написания Кутомкин, Кутомкина, а также однокоренные фамилии Кутомов, Кутомовский, но «Кутомкина» стоит особняком из-за редкого суффикса -к-, который в данном случае не уменьшительный, а скорее прозвищеобразующий.

Интересно, что в некоторых говорах «кутома» имела и другое значение — «котомка, заплечный мешок». Если прозвище пошло от этого значения, то Кутомкой могли называть странника, нищего или человека, который носил с собой котомку. Однако это менее вероятно, так как в русской ономастике прозвища по физическим или поведенческим чертам встречаются чаще, чем по предметам быта. Версия с «неповоротливым человеком» выглядит убедительнее, потому что она объясняет и негативный оттенок прозвища, и его диалектную привязку.

Социальный статус первых носителей фамилии — скорее всего, крестьяне или посадские люди. Фамилии на -ин в этой среде фиксировались с XVI–XVII веков, но конкретных дат появления «Кутомкиных» в открытых источниках нет. Фамилия не дворянская и не купеческая, что тоже говорит о её простонародном происхождении.