Фамилия Куттыкужановы ведет начало от мужского имени Куттыкужан. Это имя составное, тюркское, и его части переводятся так: «кутты» — «счастливый, приносящий счастье», а «кужан» (восходит к слову «кузен») — «хорек». Сочетание в имени пожелания счастья и названия зверька — не редкость у тюркских народов, где имена с «животным» компонентом были распространены. Возможно, имя Куттыкужан дали ребенку, родившемуся в день религиозного праздника, чтобы подчеркнуть его особый статус.

С точки зрения словообразования, фамилия образована по русской модели: к основе Куттыкужан добавили патронимический суффикс -ов. Так на Руси и в регионах с тюркским населением, попавшим под влияние русской административной системы, оформляли фамилии от отчеств. Потомок человека по имени Куттыкужан со временем стал записываться как Куттыкужанов, а его дети и внуки — как Куттыкужановы.

В тюркской ономастике имена, начинающиеся на «кутты» (кут, кутлы), означают пожелание благополучия, удачи, святости. Это очень древний пласт имен, известный еще в древнетюркских рунических памятниках. Вторая же часть, «кужан», встречается реже. Она может указывать не только на хорька, но и на другие мелкие хищные пушные звери — тотемные или промысловые животные. В некоторых диалектах возможна иная огласовка этого корня, что делает фамилию ценной для диалектологов и историков языка.

Точное время и место возникновения фамилии Куттыкужановы установить без генеалогического поиска сложно: процесс закрепления фамилий у разных народов шел неравномерно. Однако сама структура говорит о том, что предки носителей этой фамилии жили в зоне контакта тюркской и славянской культур — скорее всего, в Поволжье, на Урале или в Казахстане, где такие модели фамилий обычны.