Фамилия Куусеп — редкий случай, когда происхождение лежит на поверхности, но требует переключения с русского языкового слуха на финно-угорский. Это стопроцентно эстонская или финская фамилия, и её разгадка — в буквальном значении корней.

Основа фамилии состоит из двух частей: «куу» и «сеп». «Куу» (kuu) в эстонском и финском языках означает «луна» или «месяц». Вторая часть, «сеп» (sepp), — одно из самых распространённых эстонских профессиональных прозвищ: кузнец. Таким образом, Куусеп — это «лунный кузнец» или «кузнец Луны». Звучит поэтично, но на деле это, скорее всего, не прозвище, а более поздняя искусственная фамилия, созданная по той же модели, что и другие эстонские фамилии на -сеп: Кингисепп (кузнец-король), Раудасепп (железный кузнец).

Вероятнее всего, фамилия появилась в XIX веке, когда в Эстляндской и Лифляндской губерниях прошла массовая кампания по присвоению фамилий эстонским крестьянам. До этого у многих были только имена и прозвища. Чиновники или сами крестьяне нередко брали за основу красивые или значимые природные явления, соединяя их с ремеслом. «Лунный кузнец» мог быть выбран как благозвучная, даже сказочная фамилия, не обязательно отражавшая реальную профессию.

Морфологически фамилия не имеет русского суффикса -ов или -ин, что сразу указывает на её иноязычное происхождение. В России она почти не встречается, за исключением семей, переехавших из Эстонии или имеющих прибалтийские корни. Для русского уха она звучит непривычно, но для эстонца — абсолютно прозрачно и даже типично.

Споров среди этимологов нет: эстонская основа «sepp» (кузнец) в сочетании с «kuu» (луна) — единственная убедительная версия. Финский вариант «Kuuseppä» означал бы то же самое. Так что предки носителя этой фамилии, скорее всего, были свободными эстонскими крестьянами или ремесленниками, получившими фамилию во время реформ, а не потомками какого-то конкретного кузнеца, ковавшего по ночам.