Фамилия Кусепова — женская форма, мужской вариант — Кусепов. Её основа — тюркское имя или прозвище Кусеп, которое в свою очередь восходит к арабскому имени Юсуф (Иосиф) через фонетические изменения. В тюркских языках, особенно в казахском и башкирском, имя Юсуп (Жусуп) нередко трансформировалось в Кусеп под влиянием местных диалектов: начальный звук «й» переходил в «к», а гласные менялись. Таким образом, Кусепов — это «сын Кусепа», то есть потомок человека по имени Кусеп.

Суффикс -ов в фамилии указывает на русскую модель образования, типичную для народов, долгое время живших в контакте с русскими, — в первую очередь для татар, башкир, казахов, принявших фамилии по отчеству. Встречается и вариант с суффиксом -ев (Кусепев), но это редкость и, скорее всего, результат ошибки при записи. Географически фамилия Кусепов (Кусепова) распространена в Оренбургской области, Башкортостане, Татарстане и среди казахов северных регионов Казахстана.

Интересная деталь: в некоторых говорах имя Кусеп могло закрепиться не как вариант Юсуфа, а как самостоятельное прозвище от слова «кус» (птица) с добавлением аффикса -еп, но эта версия менее убедительна, так как арабское происхождение подтверждается устойчивой цепочкой заимствований. Вероятнее всего, предки носителей фамилии были крещёными или обрусевшими тюрками, получившими фамилию в XIX — начале XX века, когда массово фиксировали родовые имена по отцу.