Фамилия Кусюпова — женская форма фамилии Кусюпов. Её основа, скорее всего, восходит к тюркскому личному имени. Если отбросить русский патронимический суффикс -ов (в женском роде -ова), остаётся корень «Кусюп». Это один из фонетических вариантов арабского имени Юсуф (Иосиф), которое в тюркской среде часто превращалось в Кусюп, Гусюп или Юсуп. Чередование начальных «Й» и «К» — характерное явление для тюркских языков, особенно в башкирском и татарском, где звук «й» в заимствованиях мог переходить в «к» или «г».

Таким образом, фамилия Кусюпов буквально означает «потомок Кусюпа», то есть человека, носившего это имя. Имя Юсуф (Иосиф) широко распространено у мусульманских народов в честь библейско-коранического пророка, и его местные адаптации породили множество фамилий: Юсупов, Юсуфов, Кусюпов, Гусейнов (от Гусейн — другая форма имени Хусейн, но схожая по механизму адаптации). Фамилия Кусюпова — относительно редкая, что указывает на её узкорегиональное бытование.

Скорее всего, предки носителей фамилии жили на территории современного Башкортостана или в соседних районах Оренбургской области и Татарстана. В этих краях фамилии с основой «Кусюп» фиксируются в метрических книгах и ревизских сказках XIX века. По сословной принадлежности носители фамилии чаще всего были государственными или тептярскими крестьянами, реже — представителями башкирского дворянства (князьями или старшинами), но для точного вывода нужен генеалогический поиск по конкретной семье. Суффикс -ов, а не -ин, указывает на то, что фамилия формировалась в среде, где преобладала модель «имя отца + -ов», типичная для русской административной традиции фиксации нерусского населения.

Если искать однокоренные параллели, то самая известная — фамилия Юсупов, принадлежавшая знаменитому княжескому роду. Однако Кусюповы — это не обедневшая ветвь аристократов, а самостоятельный пласт фамилий, возникший в народной среде, где имя Кусюп было обиходным. В написании фамилии могла встречаться вариативность: Кусюпова, Кюсюпова, иногда с буквой «ё» в бытовой речи, но нормативным остаётся вариант через «ю».