Фамилия Кужагильдина женская, а её мужская форма — Кужагильдин. В основе лежит тюркское имя или прозвище, что неудивительно: фамилия распространена в Башкортостане, Татарстане и среди башкирской и татарской диаспоры. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Кужагильдин, то есть потомок человека по имени или прозвищу Кужагильда.

Разбираем имя Кужагильда. Первая часть — «кужа» (варианты: «хужа», «хозя»). В тюркских языках это слово означает «хозяин», «господин», «владелец». Вторая часть — «гильда» (от арабского «гильда» — «раб», «слуга»). В составе сложных имён «-гильда» часто обозначает «раб Божий» или «слуга». Получается, Кужагильда — это «господин раба» или «хозяин слуги». Однако в ономастике такие прямые переводы редко бывают единственными.

Вероятнее, что Кужагильда — это вариант более известного имени Хужагильда (или Хузягильда). В башкирской и татарской традиции такие имена давали с пожеланием, чтобы ребёнок был «хозяином» (то есть самостоятельным, удачливым) и одновременно «рабом Божьим» (то есть благочестивым). Сплав этих значений — «господин, который служит Богу» — типичен для мусульманских имён-оберегов. Менее правдоподобна версия, что «кужа» здесь от русского «кузнец» или славянского «кужля» (прялка), — это натяжка, не подтверждённая географией фамилии.

Фамилия Кужагильдина — относительно редкая. Её носители в основном живут в Башкортостане, особенно в южных и западных районах, а также в соседних областях, куда переселялись башкиры. По модели образования она типична для поздних русских фамилий у тюркских народов: к тюркскому имени добавили русский суффикс -ин, который закрепился в документах XIX — начала XX века. Родственные фамилии — Кужагильдеев, Кужаков, Хужагильдин — различаются огласовкой и суффиксами, но восходят к тому же корню.

Сословно предки Кужагильдиных могли быть как крестьянами-тептярами, так и служилыми башкирами, но точных данных по конкретной ветви нет. Фамилия не указывает на дворянство или купечество — скорее на крестьянское или военно-служилое происхождение.