Фамилия Кужбергенова образована от мужского имени Кужберген, которое, в свою очередь, сложено из двух тюркских основ. Первая часть — «куж» (или «куш») — восходит к тюркскому слову со значением «птица». Вторая часть — «берген» — причастие от глагола «беру» («давать»). Таким образом, имя Кужберген буквально означает «птица, данная (небом)» или «данный птицей». В тюркской ономастике такие имена часто давали ребенку, родившемуся после долгих молитв или в знак того, что он дарован свыше. Птица здесь выступает как символ счастья, удачи или божественной воли.

Суффикс -ова указывает на принадлежность: Кужбергенова — дочь или жена человека по имени Кужберген. Это типичная модель для русских фамилий тюркского происхождения, заимствованная через притяжательные прилагательные. В отличие от чисто русских фамилий на -ов, где основа чаще всего прозвище или профессия, здесь в основе лежит личное имя.

Фамилия редкая и имеет четкую географическую привязку к регионам, где традиционно жили ногайцы, казахи и каракалпаки. Встречается в Астраханской области, на юге Урала и в западном Казахстане. В русской среде фамилия могла закрепиться через браки или переход в православие, но исходное имя сохранило тюркскую семантику без изменений.

С точки зрения словообразования примечательно, что фамилия сохранила полную форму имени, без усечения или русификации корня. В отличие, например, от фамилии Кужбаев, где основа сокращена, Кужбергенов — более архаичный вариант, точно передающий исходное имя. Это позволяет уверенно говорить о том, что предок носителя фамилии был назван Кужбергеном, а не, скажем, производным прозвищем.