Фамилия Кярайтис — почти стопроцентный маркер литовского происхождения. На это указывает характерный суффикс -айтис (-aitis), который в литовской антропонимии выполняет ту же роль, что русские -ов или -ин: он образует фамилии по отцу. Буквально Кярайтис — это «сын Кяраса» или «потомок Кяраса». Формант -айтис особенно распространён в северной и центральной Литве (Жемайтия, Аукштайтия), тогда как на юге чаще встречается суффикс -явичюс. Так что географически корни фамилии, скорее всего, лежат в глубинной Литве, а не в приграничных с Беларусью или Польшей районах.

Основа Кяр- (лит. Kėras, Kėra) восходит к слову kėras — «куст», «коряга», «пень». В литовском языке это слово имеет и переносное значение: так могли назвать коренастого, приземистого человека или того, кто «сидит на месте», как пень. В прозвищах по сходству с предметом нет ничего необычного: славянские Дуб, Берёза или литовские Ąžuolas (дуб), Pušis (сосна) работают по тому же принципу. Кярас — это не имя, а именно прозвище, которое закрепилось за родоначальником из-за внешности или характера.

Написание через «я» — результат русской или польской передачи литовского звука [e] после мягкого согласного. В оригинале фамилия выглядит как Kėraiṫs (с буквой ė, которая читается как долгое «е»). В дореволюционных документах и в польской записи (Kierajtis, Kieraitis) она могла искажаться до неузнаваемости. Если вы встретите варианты Керайтис, Кярайть, Кярайтис — это одна и та же фамилия в разной транскрипции.

С точки зрения социальной истории, фамилии на -айтис в Литве до XIX века были принадлежностью в основном крестьян и мелких шляхтичей-однодворцев. Крупные магнаты носили фамилии на -ский (типа Радзивилл). Поэтому предки Кярайтисов, скорее всего, были свободными или зависимыми земледельцами (бюрайтисами) на территории Великого княжества Литовского, а после разделов Речи Посполитой оказались в составе Российской империи, где фамилию и записали по-русски.

В современной Литве фамилия встречается, но не входит в число самых частотных. В России и Беларуси носители Кярайтис — это, как правило, потомки литовцев, переселившихся в XIX–XX веках, или люди, чьи предки сохранили литовскую фамилию при русификации. Если вы ищете своих — стоит обратить внимание на метрические книги Ковенской и Виленской губерний, а также на списки переселенцев в Сибирь и на Дальний Восток.